BioUML platform

BioUML is an integrated platform for systems biology
and collaborative analysis of biomedical data

Начало работы в BioUML

• Introduction
• Пользовательный интерфейс BioUML

Оcновы моделирования в BioUML

• Основы визуального моделирования
  • Графическая нотация
  • Поддержка SBML и SBGN в BioUML
• Типы диаграмм

Этапы создания моделей

• Создание SBGN модели
• Создание иерархической SBGN модели

Принципы работы с диаграммами

• Интерфейс BioUML при работе с диаграммами
  • Панель инструментов
  • Общая панель управления
  • Поле операций
• Общие принципы работы с элементами диаграммы

SBGN модели

• Элементы SBGN нотации в BioUML
  • Сущности
  • Компартмент
  • Вспомогательные единицы
  • Заметка
  • Процессы
  • Ребра
  • Логические операторы
• Расширенная нотация SBGN в BioUML
  • Уравнения и зависимости
  • Событие
  • Функция
  • Ограничение
  • Табличный элемент
• Создание процесса
  • Визуальное моделирование процесса
  • Переменная и параметр
  • Математическое описание процесса

Математическая модель

• Introduction

Иерархические модели

• Основы модульного моделирования
• Создание модульной модели
  • Добавление модулей
  • Создание портов
  • Создание шин

Численный анализ модели

• Численный расчет модели
  • Симуляция модели
• Создание графика
  • Документ симуляции модели

Physicell

• Создание PhysiСell модели
• Начало работы с PhysiCell моделью
• Свойства типа клеток
• Свойства всей модели
• Симуляция модели
• Работа с результатами симуляции модели
• Пользовательский код для модели
• JavaScript-методы для загрузки и визуализации данных