.. _PhysiCell_cell_properties_Death:

Тип смерти (Death)
==================

.. role:: raw-html(raw)
   :format: html

.. |icon_add_new| image:: /images/icons/Physicell/add_new.png
.. |icon_option| image:: /images/icons/option.png

После нажатия на вкладку **Death** на панели свойств справа у вас появится меню, в котором можно изменять параметры смерти клетки.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_cell_properties/Death_menu.png
   :width: 100%
   :alt: Death_menu
   :align: center

:raw-html:`<br>`
По умолчанию у клетки есть два вида смерти: **Apoptosis** (апоптоз) и **Necrosis** (некроз). При нажатии ЛКМ на панель **Death models** сверху появится иконка |icon_add_new|, нажав на которую, можно будет добавить еще один возможный тип смерти клетки.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_cell_properties/New_death.png
   :width: 100%
   :alt: New_death
   :align: center

:raw-html:`<br>`
Выбрав конкретный тип смерти клетки, можно использовать :ref:`этот функционал <Physicell_cell_properties_Actions>`.

Раскрыв панель определенного типа клеточной смерти, можно детально настроить его параметры.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_cell_properties/Death_parameters.png
   :width: 100%
   :alt: Death_parameters
   :align: center

:raw-html:`<br>`

- **Rate**: начальная вероятность наступления клеточной смерти,
- **Cycle**: цикл клеточной смерти (подробно рассмотрен далее),
- **Unlysed fluid change rate**: скорость изменения объема жидкости клетки во время апоптоза или некроза,
- **Lysed fluid change rate**: скорость изменения объема жидкости клетки во время некроза (:raw-html:`<span style="color: red;">при апоптозе этот параметр равен 0</span>`),
- **Cytoplasmic biomass change rate**: скорость изменения объема цитоплазмы,
- **Nuclear biomass change rate**: скорость изменения объема ядра,
- **Calcification rate**: скорость кальцификации,
- **Relative rupture volume**: относительный объем клетки, при котором происходит разрыв мембраны,
- **Time Units**: единицы измерения времени.

Изменить значение каждого из параметров можно, нажав ЛКМ на значение справа от соответствующего параметра и введя собственное значение.

Далее разберем как настроить цикл клеточной смерти.

Цикл клеточной смерти (Cycle)
-----------------------------

Чтобы настроить цикл клеточной смерти, нужно раскрыть вкладку **Cycle** определенного типа клеточной смерти.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_cell_properties/Death_cycle.png
   :width: 100%
   :alt: Death_cycle
   :align: center

:raw-html:`<br>`
После этого у вас появятся новые поля, которые можно редактировать.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_cell_properties/Death_cycle_parameters.png
   :width: 100%
   :alt: Death_cycle_parameters
   :align: center

:raw-html:`<br>`

- **Name**: название цикла клеточной смерти,
- **Custom cycle**: путь к модели, описывающей пользовательский цикл клеточной смерти (необходимо указать, если в предыдущем пункте выбрано :raw-html:`«<u>Custom...</u>»`),
- **Phases**: фазы цикла клеточной смерти,
- **Transitions**: переходы между фазами цикла клеточной смерти.

Настройка фаз и переходов происходит с помощью :ref:`этого функционал <Physicell_cell_properties_Actions>`.

При открытии любой из вкладок поля **Phases** появляется значок |icon_option| **Remove on exit**. Отметьте ☑, если хотите, чтобы клетка исчезала из модели при выходе из данной фазы.

При открытии любой из вкладок поля **Transitions** появятся два значка:

- |icon_option| **Rate**: скорость перехода между соответствующими фазами цикла клеточной смерти (можно изменять, нажав ЛКМ на число и вписав собственное значение),
- |icon_option| **Fixed**: отметьте ☑, если хотите, чтобы время перехода между соответствующими фазами цикла клеточной смерти было зафиксировано.

.. note::
   При указании свойства Fixed переход между фазами цикла клеточной смерти происходит **ровно** через :math:`1/Rate` единиц времени поcле начала фазы.

   Если Fixed не указано, то переход происходит **в среднем** через :math:`1/Rate` единиц времени почле начала фазы. Моделируется это следующим образом:
   во время каждого шага агента (клетки) переход может произойти с вероятностью :math:`Rate*Phenotype \, dt`, где Phenotype dt- шаг модельного времени, с которым происходит обновление внутреннего состояния клеток (задается при настройках :ref:`симуляции модели <PhysiCell_simulation_Engine>`).