.. _PhysiCell_development_Substrate:

Создание субстрата
==================

.. |icon_substrate| image:: /images/icons/Physicell/substrate.png
.. |icon_option| image:: /images/icons/option.png
.. |icon_remove_element| image:: /images/icons/remove_element.png

Чтобы создать субстрат, нужно на верхней панели нажать ЛКМ на |icon_substrate|, а затем нажать ЛКМ в любое место под панелью инструментов.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_model_development/Substrate_creation.png
   :width: 100%
   :alt: Substrate_creation
   :align: center

:raw-html:`<br>`
После этого в появившемся окне необходимо задать параметры создаваемого субстрата:

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_model_development/Substrate_parameters.png
   :width: 50%
   :alt: Substrate_parameters
   :align: center

:raw-html:`<br>`

- **Name**: название субстрата,
- **Initial condition**: исходное количество субстрата в каждой :ref:`ячейке среды <Physicell_microenvironment_Domain>`.
- **Decay rate**: скорость разложения субстрата в среде.
- **Diffusion coefficient**: скорость диффузии субстрата в среде.
- **X min**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды X = X<sub>min</sub>`.
- **X max**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды X = X<sub>max</sub>`.
- **Y min**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды Y = Y<sub>min</sub>`.
- **Y max**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды Y = Y<sub>max</sub>`.
- **Z min**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды Z = Z<sub>min</sub>`.
- **Z max**: :raw-html:`граничное условие для концентрации субстрата на границе среды Z = Z<sub>max</sub>`.

.. note::
   - Граничное значение означает что на соответствующей границе среды поддерживается заданное значение концентрации постоянно.
   - Для отключения соответствующего граничного условия нужно задать значение -1.

После того, как заданы все параметры, нажмите **Ok**.

На экране у вас появится обозначение созданного вами субстрата.

.. figure:: /images/Physicell/Physicell_model_development/Substrates.png
   :width: 60%
   :alt: Substrates
   :align: center

:raw-html:`<br>`
Таким образом можно создать любое количество субстратов в модели.

Чтобы переместить субстрат на диаграмме, необходимо зажать ЛКМ субстрат, переместить курсор на новое место и отпустить ЛКМ.

Чтобы удалить субстрат из модели, необходимо нажать на него ЛКМ и нажать клавишу **Delete**.

Если вы работаете в веб-версии BioUML, то для удаления нужно:

1. Нажать на обозначение субстрата ПКМ.
2. В раскрывающемся списке нажать ЛКМ на **Remove** |icon_remove_element|.

Чтобы редактировать уже созданный тип субстрата, нужно:

1. Нажать ПКМ на обозначение соответствующего субстрата на диаграмме.
2. В раскрывающемся списке нажать ЛКМ на кнопку **Edit**.
3. Изменить нужные свойства.
4. Нажать **Ok**.