.. _PhysiCell_java_CancerBiorobots_Initial_java:

Initial.java
============

.. role:: raw-html(raw)
   :format: html

.. raw:: html

   <style>
   pre {
      white-space: pre-wrap !important;       /* Сохраняет пробелы, но разрешает перенос */
      word-wrap: break-word !important;       /* Переносит длинные слова */
      overflow-wrap: break-word !important;   /* Альтернатива для совместимости */
      hyphens: auto !important;               /* Перенос с тире */
   }
   </style>

.. code-block:: console

    import ru.biosoft.physicell.core.Model;
    import ru.biosoft.physicell.core.PhysiCellUtilities;
    import ru.biosoft.physicell.core.InitialCellsArranger;
    import ru.biosoft.physicell.core.CellDefinition;
    import ru.biosoft.physicell.core.Cell;
    import ru.biosoft.physicell.biofvm.VectorUtil;
    import ru.biosoft.physicell.core.standard.StandardModels;

    public class Initial extends InitialCellsArranger
    {      
        @Override
        public void arrange(Model model) throws Exception
        {
            CellDefinition defaults = StandardModels.getDefaultCellDefinition();
            double cellRadius = defaults.phenotype.geometry.radius;
            double cellSpacing = 0.95 * 2.0 * cellRadius;
            double tumorRadius = model.getParameterDouble( "tumor_radius" ); // 200.0;

            CellDefinition cd = model.getCellDefinition( "cancer cell" );
            double x = 0.0;
            double xOuter = tumorRadius;
            double y = 0.0;

            int n = 0;
            while( y < tumorRadius )
            {
                x = 0.0;
                if( n % 2 == 1 )
                {
                    x = 0.5 * cellSpacing;
                }
                xOuter = Math.sqrt( tumorRadius * tumorRadius - y * y );

                while( x < xOuter )
                {
                    Cell.createCell( cd, model, new double[] {x, y, 0.0} ); // tumor cell

                    if( Math.abs( y ) > 0.01 )
                        Cell.createCell( cd, model, new double[] {x, -y, 0.0} ); // tumor cell			

                    if( Math.abs( x ) > 0.01 )
                    {
                        Cell.createCell( cd, model, new double[] { -x, y, 0.0} );

                        if( Math.abs( y ) > 0.01 )
                            Cell.createCell( cd, model, new double[] { -x, -y, 0.0} );
                    }
                    x += cellSpacing;
                }

                y += cellSpacing * Math.sqrt( 3.0 ) / 2.0;
                n++;
            }
        } 
    }