BioUML

Начало работы в BioUML

  • Introduction
  • Пользовательный интерфейс BioUML

Оcновы моделирования в BioUML

  • Основы визуального моделирования
  • Типы диаграмм

Этапы создания моделей

  • Создание SBGN модели
  • Создание иерархической SBGN модели

Принципы работы с диаграммами

  • Интерфейс BioUML при работе с диаграммами
  • Общие принципы работы с элементами диаграммы

SBGN модели

  • Элементы SBGN нотации в BioUML
  • Расширенная нотация SBGN в BioUML
  • Создание процесса

Математическая модель

  • Introduction

Иерархические модели

  • Основы модульного моделирования
  • Создание модульной модели

Численный анализ модели

  • Численный расчет модели
  • Создание графика

Physicell

  • Creating a PhysiCell model
  • Getting started with the PhysiCell model
  • Cell type properties
  • Properties of the entire model
  • Model simulation
  • Working with Model Simulation Results
  • Custom code for model
    • Data types in java
    • Designations
    • Java class templates
    • VectorUtil
    • Cell
    • Phenotype
    • CellDefinition
    • Model
    • Microenvironment
    • RandomGenerator
    • PhysiCellConstants
    • StandardModels
    • SignalBehavior
    • CellContainer
    • CartesianMesh
    • ModelReader
    • UpDownSignal
    • BasicSignaling
    • PhysiCellUtilities
    • Examples
      • Biorobots
      • CancerBiorobots
      • CancerImmune
      • CellTypes3
      • Heterogeneity
      • Interactions
      • ODEEnergy
      • PredatorPreyFarmer
      • Virus Macrophage
      • Worm
  • JavaScript-методы для загрузки и визуализации данных
BioUML
  • Custom code for model
  • Examples
  • View page source

Examples

This section provides examples of various java classes from different models.

  • Biorobots
    • BiorobotsVisualizer.java
  • CancerBiorobots
    • CargoCellRule.java
    • CargoPhenotype.java
    • Initial.java
    • TherapyEvent.java
    • TumorPhenotype.java
    • Visualizer.java
    • WorkerCellRule.java
  • CancerImmune
    • AdhesionContact.java
    • CancerImmunityVisualizer.java
    • CancerInstantiator.java
    • ImmuneCellMotility.java
    • ImmuneCellRule.java
    • ImmuneInstantiator.java
    • ImmunityEvent.java
    • Initial.java
    • TumorPhenotype.java
  • CellTypes3
    • Initial.java
    • PhenotypeA.java
    • PhenotypeB.java
  • Heterogeneity
    • Initial.java
    • Report.java
  • Interactions
    • BacterialPhenotype.java
    • DifferentiatedPhenotype.java
    • Initial.java
    • MacrophagePhenotype.java
    • StemPhenotype.java
  • ODEEnergy
    • Initial.java
    • ODEVisualizer.java
    • Report.java
  • PredatorPreyFarmer
    • AvoidBoundariesRule.java
    • PPFReport.java
    • PredatorPhenotype.java
    • WeightedMotility.java
  • Virus Macrophage
    • Epitelial.java
    • EpitelialInstantiator.java
    • Initial.java
    • Macrophage.java
  • Worm
    • WormRule.java
Previous Next

© Copyright 2023, Biosoft.Ru Ltd..

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.