BioUML

Начало работы в BioUML

  • Introduction
  • Пользовательный интерфейс BioUML

Оcновы моделирования в BioUML

  • Основы визуального моделирования
  • Типы диаграмм

Этапы создания моделей

  • Создание SBGN модели
  • Создание иерархической SBGN модели

Принципы работы с диаграммами

  • Интерфейс BioUML при работе с диаграммами
  • Общие принципы работы с элементами диаграммы

SBGN модели

  • Элементы SBGN нотации в BioUML
  • Расширенная нотация SBGN в BioUML
  • Создание процесса

Математическая модель

  • Introduction

Иерархические модели

  • Основы модульного моделирования
  • Создание модульной модели

Численный анализ модели

  • Численный расчет модели
  • Создание графика

Physicell

  • Creating a PhysiCell model
  • Getting started with the PhysiCell model
  • Cell type properties
  • Properties of the entire model
  • Model simulation
  • Working with Model Simulation Results
  • Custom code for model
    • Data types in java
    • Designations
    • Java class templates
    • VectorUtil
    • Cell
    • Phenotype
    • CellDefinition
    • Model
    • Microenvironment
    • RandomGenerator
    • PhysiCellConstants
    • StandardModels
    • SignalBehavior
    • CellContainer
    • CartesianMesh
    • ModelReader
    • UpDownSignal
    • BasicSignaling
    • PhysiCellUtilities
    • Examples
      • Biorobots
      • CancerBiorobots
      • CancerImmune
        • AdhesionContact.java
        • CancerImmunityVisualizer.java
        • CancerInstantiator.java
        • ImmuneCellMotility.java
        • ImmuneCellRule.java
        • ImmuneInstantiator.java
        • ImmunityEvent.java
        • Initial.java
        • TumorPhenotype.java
      • CellTypes3
      • Heterogeneity
      • Interactions
      • ODEEnergy
      • PredatorPreyFarmer
      • Virus Macrophage
      • Worm
  • JavaScript-методы для загрузки и визуализации данных
BioUML
  • Custom code for model
  • Examples
  • CancerImmune
  • View page source

CancerImmune

This block presents examples of java classes of the CancerImmune’ model.

  • AdhesionContact.java
  • CancerImmunityVisualizer.java
  • CancerInstantiator.java
  • ImmuneCellMotility.java
  • ImmuneCellRule.java
  • ImmuneInstantiator.java
  • ImmunityEvent.java
  • Initial.java
  • TumorPhenotype.java
Previous Next

© Copyright 2023, Biosoft.Ru Ltd..

Built with Sphinx using a theme provided by Read the Docs.