Типы диаграмм

В настоящее время в BioUML используются следующие графические нотации и соответствующим им типы моделей:

  • Математическая модель (Mathematical model) - модель, состоящая из обыкновенных дифференциальных уравнений (ОДУ), алгебраических уравнений и событий. Никакие сущности или реакции между ними не используются;

  • Иерархическая модель (Composite model) - модель, которая может содержит модули (подмодели), каждая из которых содержит ОДУ с событиями. Численные расчеты проводятся путем трансформации модели в «плоскую», не иерархическую модель, содержащую ОДУ с событиями;

  • Модель SBML в нотации SBGN (SBML in SBGN notation) - модель, имеющая математический формализм, описанный стандартом SBML, использующая графическую нотацию SBGN;

  • Иерархическая модель SBML в нотации SBGN (SBML comp in SBGN notation) - иерархическая модель, имеющая математический формализм, описанный стандартом SBML, использующая графическую нотацию SBGN;

  • Популяционная модель (Population-based model) - содержит основную структурную модель, которая представляет собой математическую модель процесса изучения (например, динамики лекарств в организме) и предполагает распределение параметров модели по популяции;

  • Агентная модель (Agent-based model) - иерархическая модель, которая может содержать модули различного формализма и типа (модели ОДУ, модели УЧП (уравнения в частных производных), скрипты, специальные модули);

  • Артериальное дерево (Arterial tree) - модель кровотока в артериальном дереве. Описывает строение и свойства (площадь и эластичность) сосудистого русла. Численное моделирование предоставляет информацию о кровотоке (давлении, скорости потока) в каждом конкретном сосуде дерева;

  • Модель мозга (Brain model) - модель мозга на региональном или клеточном уровне;

  • Модель BioNetGen (BioNetGen model) - Модель BioNetGen Language (BNGL) со специальным графическим обозначением;

  • Модель EndoNet (EndoNet diagram) - XML диаграмма (диаграмма EndoNet);

  • Метаболический путь (lipicomic.xml) - XML-диаграмма (Метаболический путь (KEGG-модифицированный)).