Пользовательский код для модели

Примечание

Данный раздел предназначен для продвинутых пользователей и является необязательным - создавать модели можно и без использования кода.

Поведение клеток, а также другие аспекты модели могут быть заданы java-кодом, описывающим подходящий java-класс.

В частности, с помощью java-кода можно настроить:

• Различные функции клеток (изменение внутреннего состояния, подвижность, клеточный контакт и др.).

• Цвета отрисовки клеток в различных условиях.

• Начальное расположение клеток.

• Вывод отчета и логов при симуляции модели.

• События модели.

• Правила создания новых клеток.

и др.

Java-код хранится в виде отдельных файлов в репозитории BioUML. Каждый файл описывает один java-класс.

Для создания java-файла (java-класса) нужно:

1. Нажать ПКМ на папку в репозитории, в которой вы хотите создать java-класс.

2. В раскрывающемся списке нажать ЛКМ на New Java code.

3. В появившемся окошке вписать название файла с расширением .java.

4. Нажать ЛКМ кнопку Ok.

После этого в указанной папке у вас появится java-файл (обозначается значком ), который можно открыть, нажав на него 2 раза ЛКМ или нажав на него ПКМ и в раскрывающемся списке нажав ЛКМ на Open.

В открывшемся файле можно прописывать необходимый код.

Список основных java-классов пакета ru.biosoft.Physicell, используемых для задания пользовательского поведения клеток, и их краткое описание представлены ниже.

Классы пакета ru.biosoft.Physicell

Класс	Описание
VectorUtil	Работа с векторами
Cell	Работа с отдельными агентами, т.е. клетками
Phenotype	Работа с различными свойствами клеток
CellDefinition	Работа с типами клеток
Model	Работа с мультиклеточной моделью для численных расчетов
Microenvironment	Работа со средой модели, в которой находятся клетки и вещества
RandomGenerator	Генерация случайных величин в модели
PhysiCellConstants	Работа с константными численными значениями модели
StandardModels	Работа со стандартными моделями клеточного цикла и клеточной смерти
SignalBehavior	Управление передачи сигналов и поведения клеток
CellContainer	Получение информации о расположении клеток в решетке модели
CartesianMesh	Работа с декартовой системой координат, в которой располагаются клетки и субстраты
ModelReader	Чтение модели из текстового файла
UpDownSignal	Расчет эффекта выходного сигнала согласно многомерному закону Хилла на основе множественных входящих сигналов-эффектов
BasicSignaling	Работа с методами, которые рассчитывают значение выходного сигнала на основе одного входящего сигнала
PhysiCellUtilities	Дополнительные методы работы с моделью
AgentColorer	Интерфейс, используемый для определения того, каким цветом отрисовывать клетку (ее границу, внутреннюю часть, границу ядра и само ядро)
InitialCellsArranger	Абстрактный класс, определяющий изначальную расстановку клеток в модели. Может использоваться в подвкладке Initial Condition вкладки Microenvironment.
O2based	Подкласс UpdatePhenotype. Описывает стандартную жизнедеятельность клетки в зависимости от концентрации кислорода.
Visualizer	Отрисовывает результат расчетов модели.
ReportGenerator	Создает табличный отчет во время расчетов с отдельной строкой для каждой клетки в модели. Может использоваться в подвкладке Model Report вкладки Microenvironment.
CustomCellData	Содержит пользовательские параметры конкретного типа клеток. Заполняется пользователем в подвкладке Custom Data вкладки Cell Types.
AgentColorerDefault	Стандартная реализация класса AgentColorer. Раскрашивает агент в зависимости от его типа и того, жив ли он.
FalseCellCytometryVisualizer	Подкласс AgentColorerDefault. Раскрашивает клетки, имеющие жизненный цикл типа Flow Cytometry model в зависимости от текущей фазы клеточного цикла.
StandardElasticContact	Стандартная реализация класса Contact. Описывает эластичное взаимодействие клетки с другими клетками.
Chemotaxis	Стандартная реализация класса UpdateMigrationBias. Описывает движение клетки по градиенту одного субстрата.