Phenotype

Примечание

Класс Phenotype является вложенным объектом внутри классов Cell и CellDefinition.

Класс Phenotype используется для работы с различными свойствами клеток.

Для импорта данного класса используйте:

import ru.biosoft.physicell.core.Phenotype

В этом классе можно выделить 12 отдельных классов, каждый из которых используется для работы с определенным набором свойств клетки.

Классы Phenotype

Класс

Описание

Cycle cycle
Используется для описания жизненного цикла клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.1.

Death death
Используется для описания модели смерти клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.2.

Volume volume
Используется для описания объемных свойств клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.3.

Geometry geometry
Используется для описания размеров клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.4.

Mechanics mechanics
Используется для описания механических свойств клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.5.

Motility motility
Используется для описания подвижности клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.6.

Secretion secretion
Используется для описания секреции и потребления веществ клеткой.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.7.

Molecular molecular
Используется для описания содержания веществ внутри клетки.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.8.

CellInteractions cellInteractions
Используется для описания взаимодействия между клетками разных типов.

CellTransformations cellTransformations
Используется для описания трансформации клетки из одного типа в другой.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.10.

Intracellular intracellular
Используется для описания внутриклеточных процессов клетки с помощью обыкновенных дифференциальных уравнений или потоковой модели.

Все члены данного класса представлены в таблице 1.11.

CellIntegrity cellIntegrity
Используется для описания целостности клетки.
Таблица 1.1. Члены класса Cycle

Член класса

Описание

int code
Содержит численный код жизненного цикла клетки.

Пример использования.

Phase currentPhase()
Возвращает текущую фазу жизненного цикла данной клетки.

Пример использования.

int currentPhase().code
Содержит численный код текущей фазы жизненного цикла данной клетки.

Пример использования.

int currentPhase().index
Содержит внутренний текущей фазы жизненного цикла данной клетки.

boolean currentPhase().divisionAtExit
Содержит true, если клетка делится при выходе из данной фазы клеточного цикла.

boolean currentPhase().removalAtExit
Содержит true, если клетка исчезает при выходе из данной фазы клеточного цикла.

String currentPhase().name
Содержит название текущей фазы жизненного цикла данной клетки.

Пример использования.

CycleData data
Содержит объект класса CycleData, хранящий численные данные жизненного цикла данной конкретной клети.

Пример использования.

double data.elapsedTimePhase
Содержит время, проведенное клеткой в текущей фазе жизненного цикла.

Пример использования.

double data.getTransitionRate(int phase1, int phase2)
phase1 - номер фазы жизненного цикла.
phase2 - номер фазы жизненного цикла.

Возвращает скорость перехода между фазами жизненного цикла с номерами phase1 и phase2.

Пример использования.

void data.setTransitionRate(int phase1, int phase2, double speed)
phase1 - номер фазы жизненного цикла.
phase2 - номер фазы жизненного цикла.
speed - скорость перехода между фазами жизненного цикла.

Устанавливает скорость перехода между фазами жизненного цикла с номерами phase1 и phase2, равную speed.

Пример использования.

double data.getExitRate(int phase)
phase - номер фазы жизненного цикла.

Возвращает вероятность выхода из фазы под номером phase*.

*Используется, если клетка может перейти из фазы phase только в одну другую фазу.

Пример использования.

void data.setExitRate(int phase, double probability)
phase - номер фазы жизненного цикла.
probability - вероятность.

Устанавливает вероятность выхода из фазы с номером phase равной probability.

Пример использования.
Таблица 1.2. Члены класса Death

Член класса

Описание

boolean dead
Содержит true, если клетка мертва.

Пример использования.

double[] rates
Содержит массив вероятностей всех типов клеточных смертей.

Пример использования.

int rates.size()
Возвращает количество вероятностей всех возможных клеточных смертей.

Пример использования.

void rates.set(int index, double probability)
index - индекс типа клеточной смерти.
probability - вероятность.

Устанавливает вероятность типа клеточной смерти с индексом index равной probability.

Пример использования.

double rates.get(int index)
index - индекс типа клеточной смерти.

Возвращает вероятность типа клеточной смерти с индексом index.

Пример использования.

int findDeathModelIndex(String name)
name - название типа клеточной смерти.

Возвращает индекс типа клеточной смерти с названием name.

Пример использования.
Таблица 1.3. Члены класса Volume

Член класса

Описание

double total
Содержит значение общего объема клетки.

Пример использования.
Таблица 1.4. Члены класса Geometry

Член класса

Описание

double radius
Содержит радиус клетки.

Пример использования.
Таблица 1.5. Члены класса Mechanics

Член класса

Описание

double attachmentElasticConstant
Содержит коэффициент, с которым клетка притягивается к другим клеткам.

Пример использования.

double cellCellAdhesionStrength
Содержит силу межклеточной адгезии.

Пример использования.

double cellCellRepulsionStrength
Содержит силу межклеточного отталкивания.

Пример использования.

double relDetachmentDistance
Содержит относительное расстояние (множитель радуиса), на котором клетка отделяется от прикрепленной клетки.

Пример использования.
Таблица 1.6. Члены класса Motility

Член класса

Описание

boolean isMotile
Содержит true, если клетка подвижна.

Пример использования.

double migrationBias
Содержит число из интервала [0,1], где 0 обозначает, что клетка движется абсолютно случайно, а 1 - полностью целенаправленно.

Пример использования.

double[] migrationBiasDirection
Содержит нормализованный вектор, описывающий направление, в котором клетка движется целенаправленно в данный момент времени.

Пример использования.

double migrationSpeed
Содержит скорость движения клетки.

Пример использования.

double persistenceTime
Содержит время, в течение которого клетка сохраняет одно направление движения.

Пример использования.

int chemotaxisDirection
Содержит «1», если клетка движется к субстрату во время хемотаксиса, или «-1», если клетка движется от него.

Пример использования.
Таблица 1.7. Члены класса Secretion

Член класса

Описание

double[] secretionRates
Содержит массив скоростей секреции каждого из субстратов данной клеткой.

Пример использования.

double[] uptakeRates
Содержит массив скоростей потребления каждого из субстратов данной клеткой.

Пример использования.

double[] netExportRates
Содержит массив, содержащий скорости постоянной (не зависящей от объема клетки) секреции/потребления всех возможных субстратов для данной клетки.

Пример использования.

void setSecretionToZero()
Устанавливает скорость секреции, равной 0, для всех субстратов в модели для данной клетки.

Пример использования.

void setUptakeToZero()
Устанавливает скорость потребления, равной 0, для всех субстратов в модели для данной клетки.

Пример использования.
Таблица 1.8. Члены класса Molecular

Член класса

Описание

double[] internSubstrates
Содержит массив, состоящий из количества всех возможных веществ внутри клетки.

Пример использования.

double fractionReleasedDeath
Содержит долю внутренних веществ, которая выбрасывается из клетки в момент ее гибели.

Пример использования.

double fractionTransferredIngested
Содержит долю внутренних веществ, которую получает клетка, поглотившая клетку данного типа.

Пример использования.
Таблица 1.10. Члены класса CellTransformations

Член класса

Описание

double[] transformationRates
Содержит массив вероятностей трансформации клеток данного типа во все остальные типы клеток.

Пример использования.
Таблица 1.11. Члены класса Intracellular

Член класса

Описание

void start()
Запускает расчеты внитриклеточной модели.

Пример использования.

void setParameterValue(String name, double value)
name - название параметра внутриклеточной модели.
value - значение.

Устанавлиает численное значение value параметру name во внутриклеточной модели.

Пример использования.

double getParameterValue(String name)
name - название параметра внутриклеточной модели.

Возвращает значение параметра name во внутриклеточной модели.

Пример использования.