Начало работы с PhysiCell моделью

Чтобы начать работать с моделью, сначала нужно ее открыть. Для этого два раза ЛКМ нажмите на icon_Type_Diagram или нажмите ПКМ на icon_Type_Diagram и в выпадающем списке нажмите ЛКМ на icon_opened_folder Open.

Open_the_diagram


После этого в левой верхней части экрана появится окно, в котором можно создавать модель.

Diagram_window


В верхней части этого окна можно видеть панель инструментов, которые используются для построения PhysiCell модели.

Diagram_instruments


Выбрать тот или иной инструмент можно нажатием на соответствующую иконку ЛКМ. Описание каждого инструмента представлено ниже.

Элементы панели инструментов, используемой при работе с PhysiCell моделями

Обозначение

Описание
курсор

Выбор элемента на диаграмме
тип клеток

Тип клеток
субстрат

Субстрат
событие

Событие
примечание

Примечание
секреция

Секреция/Потребление
хемотаксис

Хемотаксис
взаимодействие

Взаимодействие
трансформация

Трансформация

Основными участниками PhysiCell модели являются клетки различных типов (icon_cell_definition) и субстраты (icon_substrate).

Между ними возможно 4 типа взаимодействий:

  • Секреция/Потребление (icon_secretion): выделение/поглощение клеткой того или иного субстрата.

  • Хемотаксис (icon_chemotaxis): движение клетки к или от определенного субстрата.

  • Взаимодействие (icon_interaction): воздействие клеток одного типа на клетки другого типа,

  • Трансформация (icon_transformation): превращение клеток одного типа в клетки другого типа.