BioUML

Начало работы в BioUML

  • Introduction
  • Пользовательный интерфейс BioUML

Оcновы моделирования в BioUML

  • Основы визуального моделирования
  • Типы диаграмм

Этапы создания моделей

  • Создание SBGN модели
  • Создание иерархической SBGN модели

Принципы работы с диаграммами

  • Интерфейс BioUML при работе с диаграммами
  • Общие принципы работы с элементами диаграммы

SBGN модели

  • Элементы SBGN нотации в BioUML
  • Расширенная нотация SBGN в BioUML
  • Создание процесса

Математическая модель

  • Introduction

Иерархические модели

  • Основы модульного моделирования
  • Создание модульной модели

Численный анализ модели

  • Численный расчет модели
  • Создание графика

Physicell

  • Создание PhysiСell модели
  • Начало работы с PhysiCell моделью
  • Свойства типа клеток
  • Свойства всей модели
  • Симуляция модели
  • Работа с результатами симуляции модели
  • Пользовательский код для модели
    • Типы данных в java
    • Обозначения
    • Шаблоны java-классов
    • VectorUtil
    • Cell
    • Phenotype
    • CellDefinition
    • Model
    • Microenvironment
    • RandomGenerator
    • PhysiCellConstants
    • StandardModels
    • SignalBehavior
    • CellContainer
    • CartesianMesh
    • ModelReader
    • UpDownSignal
    • BasicSignaling
    • PhysiCellUtilities
    • Примеры
      • Biorobots
      • CancerBiorobots
      • CancerImmune
        • AdhesionContact.java
        • CancerImmunityVisualizer.java
        • CancerInstantiator.java
        • ImmuneCellMotility.java
        • ImmuneCellRule.java
        • ImmuneInstantiator.java
        • ImmunityEvent.java
        • Initial.java
        • TumorPhenotype.java
      • CellTypes3
      • Heterogeneity
      • Interactions
      • ODEEnergy
      • PredatorPreyFarmer
      • VirusMacrophage
      • Worm
  • JavaScript-методы для загрузки и визуализации данных
BioUML
  • Пользовательский код для модели
  • Примеры
  • CancerImmune
  • Просмотреть исходный код страницы

CancerImmune

В этом блоке представлены примеры java-классов модели CancerImmune.

  • AdhesionContact.java
  • CancerImmunityVisualizer.java
  • CancerInstantiator.java
  • ImmuneCellMotility.java
  • ImmuneCellRule.java
  • ImmuneInstantiator.java
  • ImmunityEvent.java
  • Initial.java
  • TumorPhenotype.java
Предыдущая Следующая

© Авторские права 2023, Biosoft.Ru Ltd..

Собрано при помощи Sphinx с использованием темы, предоставленной Read the Docs.