Область редактирования параметров симуляции модели (Engine)

При переключении на вкладку Engine в области редактирования можно будет настроить следующие параметры:

• Simulator name: численный решатель,

• Log Model report: отметьте ☑, если хотите выводить данные о модели в консоль перед началом расчетов,

• Result path: путь в репозитории модуля для сохранения результатов,

• Max Time: модельное время, до которого будет продолжаться симуляция,

• Parallel diffusion simulation: отметьте ☑, если хотите использовать распараллеливание расчетов при моделировании процессов диффузии веществ,

• Cell update type: способ расчета поведения отдельных клеток,

• Diffusion dt: шаг модельного времени для расчета диффузии веществ,

• Mechanics dt: шаг модельного времени, с которым происходит взаимодействие клеток друг с другом и с веществами в среде,

• Phenotype dt: шаг модельного времени, с которым происходит обновление внутреннего состояния клеток,

• Report interval: шаг модельного времени, с которым выводится табличный отчет о состоянии модели при симуляции,

• Image interval: шаг модельного времени, с которым сохраняется визуальное отображение модели при симуляции,

• Save report: отметьте ☑, если хотите сохранять таблицы,

• Save cells data: отметьте ☑, если хотите сохранять данные о клетках в текстовых файлах,

• Save cells data as table: отметьте ☑, если хотите сохранять данные о клетках в таблицах,

• Save density: отметьте ☑, если хотите сохранять данные о веществах,

• Save images: отметьте ☑, если хотите сохранять изображения модели в процессе симуляции,

• Save GIF: отметьте ☑, если хотите сохранять GIF-изображение модели в процессе симуляции,

• Save Video: отметьте ☑, если хотите сохранять видео модели в процессе симуляции,

• Save plots: отметьте ☑, если хотите сохранять графики,

• Use manual seed: отметьте ☑, если хотите использовать пользовательский seed для случайных процессов модели,

• Manual seed: пользовательский seed для случайных процессов модели,

• Recalculate gradients: отметьте ☑, если хотите пересчитывать градиенты веществ во время симуляции модели,

• Track inner substrates in cells: отметьте ☑, если хотите отслеживать содержание веществ внутри клеток во время симуляции модели,

• Model type: тип модели.

Примечание

Для симуляции диаграмм типа Physicell всегда используются свойства численного метода PhysicellSimulationEngine (не редактируется).

Далее мы рассмотрим некоторые параметры вкладки Engine более подробно.