Функции, описывающие поведение клетки (Functions)
После нажатия на вкладку Functions на панели свойств справа у вас появится меню, в котором можно редактировать функции, описывающие поведение клетки.
Всего можно редактировать 11 функций, каждая из которых описывает отдельный аспект жизни клетки.
Для каждой из этих функций доступно на выбор несколько сценариев поведения. Выбрать тот или иной сценарий можно, нажав ЛКМ справа от соответствующей функции и выбрав в раскрывающемся списке нужный сценарий.
Ниже представлен список всех функций и доступных сценариев для каждой из них:
Phenotype update: общее описание поведения клетки, изменения ее поведения в зависимости от внешних и внутренних сигналов.
Default O2-based phenotype - описывает жизнедеятельность клетки в зависимости от концентрации кислорода в среде.
Volume update: описывает изменение всех объемных свойств клетки (количество жидкости, объем ядра и т.д.), включая и сам общий объем клетки.
Standard volume update - задает зависимость свойств от объема по умолчанию.
Custom rule: дополнительная функция поведения клетки.
Avoid microenvironment boundaries - клетка избегает границ внешней среды,
Wrap microenvironment boundaries - клетка проходит сквозь границу на другой край внешней среды.
Velocity update: описывает изменение скорости передвижения клетки.
Standard Velocity - скорость клетки меняется по правилам по умолчанию в зависимости от заданных свойств хемотаксисов, степеней адгезии и отклонения и присутствия других клеток вокруг.
Migration update: описывает передвижения клетки.
Chemotaxis - хемотаксис по градиенту одного вещества,
Advanced chemotaxis (weighted combination of gradients) - хемотаксис по градиентам нескольких веществ с соответствующими чувствительностями,
Advanced normalize chemotaxis (weighted combination of normalized gradients) - хемотаксис по нормализованным градиентам нескольких веществ с соответствующими чувствительностями.
Membrane interaction: описывает взаимодействие клетки с базальной мембраной (сама базальная мембрана не моделируется, предполагается, что вся система расположена на ней).
Avoid domain edge - клетка избегает границы мембраны.
Membrane distance calculator: описывает расчет клеткой расстояния до базальной мембраны.
Domain edge distance - рассчитывает расстояние до края мембраны.
Orientation: описывает изменение ориентации клетки в пространстве.
Up orientation - ориентация параллельно оси Z.
Contact: описывает контакт клетки с другими клетками.
Standard Elastic Contact - эластичная адгезия/отталкивание от других типов клеток.
Cell creation: описывает процесс создания новой клетки во время деления или при начальной инициализации.
Cell division: описывает процесс деления клетки.
Standard asymmetric division - клетка делится асимметрично.
Также для каждой функции можно выбрать сценарий «Custom…». При таком выборе ниже функции, для которой был выбран данный сценарий, появится дополнительная вкладка 
«Custom [название функции]», в которой нужно указать путь до Java-кода, который будет описывать поведение клетки в рамках соответствующей функции.
