Внутриклеточная модель клетки (Intracellular)
Чтобы задать внутриклеточные механизмы для клеток выбранного типа, можно применять SBML-модель, использующую обыкновенные дифференциальные уравнения, алгебраические уравнения и дискретные события. Данная модель может использовать в качестве параметров свойства клетки, количество потребленных и выделенных ей веществ, а также может менять значения самого свойства клетки.
После нажатия на вкладку Intracellular на панели свойств справа у вас появится меню, в котором напротив поля 
Diagram можно указать путь до SBML-модели, которая будет описывать поведение внутри клеток выбранного типа.
Чтобы указать путь до SBML-модели, нужно нажать ЛКМ на (select element) и в появившемся меню указать, где в вашем репозитории находится SBML-модель.
После этого у вас появятся два новых поля:
Variables: список соответствий между переменными SBML-модели и свойствами клетки,
engine: свойства численного метода.
Ниже разберем как редактировать каждое из этих полей.
Список соответствий между переменными SBML-модели и свойствами клетки (Variables)
Чтобы добавить соответствие между одной переменной SBML-модели и одним свойством клетки, нужно:
Нажать ЛКМ на
Variables.Нажать ЛКМ на иконку
.
Таким образом можно добавить сколько угодно соответствий.
После этого под Variables появится новая вкладка, в которой можно редактировать три параметра:
Variable: название переменной SBML-модели, в соответствие которой мы хотим задать то или иное свойство клетки,
Phenotype property: название свойства клетки, соответствующего выбранной переменной,
Type: тип соответствия.
Чтобы указать значение каждого из этих трех параметров, нужно нажать ЛКМ справа от соответствующего поля (Variable, Phenotype property или Type) и из раскрывающегося списка выбрать нужное значение.
В раскрывающихся списках напротив полей Variable и Phenotype property можно найти любой параметр выбранной SBML-модели и любое свойство выбранного типа клеток, соответственно.
В раскрывающемся списке напротив Type всегда можно выбрать один из 3-ех типов соответствия:
Input: значение определяется PhysiCell-моделью и SBML-модель никак на него не влияет; она только использует его в качестве значения одного из своих параметров.
Output: значение определяется SBML-моделью и PhysiCell-модель никак на него не влияет; она только использует его в качестве значения одного из свойств клетки.
Contact: значение определяется в обеих моделях: SBML и PhysiCell.
Для работы с уже существующими соответствиями используйте этот функционал.
Свойства численного метода (engine)
Свойства численного метода используются для решения SBML-модели.
Внутри вкладки engine можно редактировать значения следующих параметров:
Selected engine: математический формализм, в рамках которого происходит численное решение SBML-модели,
Time increment: размер шага симуляции SBML-модели,
Simulator: численный решатель, используемый при симуляции SBML-модели,
Simulator options: параметры численного решателя.
Чтобы выбрать математический формализм (Selected engine) или численный решатель для симуляции SBML-модели (Simulator), нужно нажать ЛКМ справа от иконки Selected engine или Simulator, соответственно, и из раскрывающегося списка выбрать один из доступных вариантов.
Чтобы указать размер шага симуляции SBML-модели (Time increment), нужно нажать ЛКМ справа от иконки Time increment и вписать собственное значение.
Чтобы редактировать параметры выбранного численного решателя (Simulator options), нужно раскрыть вкладку Simulator options и справа от названия параметра вписать собственное значение, выбрать предложенное значение из раскрывающегося списка или отметить ☑.
Важно
Для каждого численного решателя доступен свой набор параметров для редактирования.
Для некоторых численных решателей параметры для редактирования отсутствуют.