Жизненный цикл (Cycle)

После нажатия на вкладку Cycle на панели свойств справа у вас появится меню, в котором можно изменять параметры жизненного цикла клетки.

Название жизненного цикла клетки (Name)

При нажатии справа от кнопки icon_option Name раскрывается список, в котором можно выбрать тип жизненного цикла клетки:

Ki67 (basic): жизненный цикл, состоящий из двух фаз - «Ki67-» и «Ki67+»,
Ki67 (advanced): жизненный цикл, состоящий из трех фаз - «Ki67-», «Ki67+ (premitotic)» и «Ki67+ (postmitotic)»,
Live: простейший жизненный цикл, состоящий всего из одной фазы с условным названием «Live»,
Flow cytometry model (basic): жизненный цикл, состоящий из трех фаз - «G0/G1», «S» и «G2/M»,
Flow cytometry model (separated): жизненный цикл, состоящий из четырех фаз - «G0/G1», «S», «G2» и «M»,
Custom: пользовательский жизненный цикл.

При выборе Custom… справа от поля icon_option Custom cycle нужно будет указать путь к модели, описывающий жизненный цикл клетки.

Фазы цикла (Phases) и переходы между ними (Transitions)

При выборе определенного цикла автоматически изменяются вкладки поля Phases (фазы цикла) и Transitions (переходы между фазами цикла).

Чтобы открыть любую вкладку полей Phases или Transitions, нужно нажать ЛКМ на значок icon_clue слева от вкладки. Чтобы закрыть вкладку, нужно нажать ЛКМ на значок icon_opened_clue слева от вкладки.

При открытии любой из вкладок поля Phases появляется значок icon_option Division on exit. Отметьте ☑, если хотите, чтобы клетка делилась по окончании выбранной фазы жизненного цикла.

При открытии любой из вкладок поля Transitions появятся два значка:

Rate: скорость перехода между соответствующими фазами жизненного цикла клетки (можно изменять, нажав ЛКМ на число справа и вписав собственное значение),
Fixed: отметьте ☑, если хотите, чтобы время перехода между соответствующими фазами жизненного цикла клетки было зафиксировано.

Примечание

При указании свойства Fixed переход между фазами жизненного цикла клетки происходит ровно через \(1/Rate\) единиц времени поcле начала фазы.

Если Fixed не указано, то переход происходит в среднем через \(1/Rate\) единиц времени почле начала фазы. Моделируется это следующим образом: во время каждого шага агента (клетки) переход может произойти с вероятностью \(Rate*Phenotype \, dt\), где Phenotype dt- шаг модельного времени, с которым происходит обновление внутреннего состояния клеток (задается при настройках симуляции модели).

Редактирование фаз и переходов между ними

Чтобы добавить новую фазу или переход в жизненный цикл клетки, нужно:

Нажать ЛКМ на вкладку Phases или Transitions.
Нажать ЛКМ на иконку .

После этого в соответствующем разделе у вас появится новая фаза или переход.

Кроме того, возможны и другие действия с фазами и переходами. Чтобы их отобразить, нужно нажать ЛКМ на любую фазу или переход, после чего сверху появится панель с возможными действиями.

Описание каждого из этих действий приведено ниже.

Элементы панели инструментов, используемой при работе с фазами и переходами жизненного цикла клетки
Обозначние	Описание
	Удаление выбранной фазы или перехода
	Вставить новую фазу или переход перед выбранной
	Вставить новую фазу или переход после выбранной
	Переместить выбранную фазу или переход выше
	Переместить выбранную фазу или переход ниже